Трава зверобоя содержит дубильные вещества (до 13%), эфирное масло, в состав которого входят цинеол, лимонен, в -пинен, изовалериановая кислота, гераниол, в-кариофиллин, окись кариофиллина, спатуленол, а-пинен.

Также определяются стероиды, тритерпеновые сапонины, алкалоиды, витамины С, Е, кумарины, флавоноиды, антрахиноны (гиперицин), антибиотик гиперфорин. Определены также бисантаквионные гликозиды - гликопиранозид, арабинофуронозид, ксилопиранозид. Листья зверобоя содержат до 2% рутина, цветки эфирное масло, каротиноиды, смолы. Растение концентрирует соли Mo, Se, Cd.

Препараты зверобоя оказывают антибактериальное и противовоспалительное воздействие, благодаря наличию эфирного масла и антибактериальных веществ. Его настои, отвары назначают, используя эти свойства при воспалительных заболеваниях полости рта, горла, при колитах, холециститах. Открыты противовирусные свойства экстрактов зверобоя.

Исследования показывают, что компоненты зверобоя – гиперецин, гиперфорин, гиперозид, бисапигенин – обладают антидепрессивным действием. Препараты зверобоя имеют меньше побочных эффектов, более безопасны.

Есть данные, что гиперфорин обладает антиоксидантной и противораковой активностью. Также это вещество оказывает антибактериальное воздействие, и перспективно при местном лечении инфицированных ран.

Гиперицин – водо-нерастворимое вещество зверобоя, которое есть в свежем соке и настойке травы, катализирует многие внутриклеточные процессы, а также оказывает фотосенсибилизирующее воздействие, перспективное при лучевой терапии опухолевых заболеваний. Избирательно накапливаясь в раковых клетках, он делают их мишенью для разрушающего действия лучей.

Фотосенсибилизирующие свойства растения и наличие среди его компонентов вещества гиперицина используют в процессе лечения такого заболевания как витилиго.

Зверобой находит применение в терапии заболеваний пищеварительной системы: уменьшают кишечные спазмы, расширяют сосуды, налаживают работу желудочных желез, стимулируют кровообращение, снимают воспаление в слизистых пищеварительного тракта, действуют как вяжущее средство и бактериостатик, снимают спазмы в желчных путях.

Определено также, что зверобой улучшает венозное кровообращение, тонизирует работу сердца, повышает тонус сосудов, несколько повышает артериальное давление. Также выявлены гиполипидемические и антиатеросклеротические свойства спиртового экстракта зверобоя.

Зверобой продырявленный широко применяют в гомеопатии для облегчения состояния после сотрясения мозга, при депрессиях различной природы и нервных болях после травм.